紫仓仓鼠的公母可以通过观察其生殖器来分辨。雄性紫仓仓鼠的生殖器较为明显，位于肛门下方，呈现出两个球状物体，即睾丸。
而雌性紫仓仓鼠的生殖器则较为隐蔽，位于肛门上方，呈现出一个小孔，即阴道。此外，雄性紫仓仓鼠的身体较为粗壮，头部较大，而雌性则相对较小巧。通过观察这些特征，可以较为准确地分辨出紫仓仓鼠的公母。
仓鼠公母可以大致通过以下几点来进行区分：
排名较好、看香腺，母仓鼠的香腺没有公仓鼠的明显，常常被认为没有香腺；
排名较好、看乳房，母仓鼠的乳房比公仓鼠明显，公仓鼠的乳房不易看见；
排名较好、母仓鼠的生殖器离肛门很近，而公仓鼠的生殖器离肛门较远；公仓鼠的屁股比较丰满，比较大，母仓鼠的屁股比较尖，呈三角形。