区别在于含义不同。
34所指34所指招收硕士研究生的过程中及可以自主划定复试分数线的34所985高校。它们是：
清华大学、北京大学、中国人民大学、北京师范大学、北京航空航天大学、北京理工大学、中国农业大学、天津大学、南开大学、山东大学、南京大学、东南大学、浙江大学、同济大学、复旦大学、上海交通大学、厦门大学、中山大学、华南理工大学、湖南大学、中南大学、武汉大学、华中科技大学、哈尔滨工业大学、吉林大学、东北大学、大连理工大学、中国科学技术大学、西安交通大学、西北工业大学、重庆大学、四川大学、电子科技大学、兰州大学。自主划定分数线是2002年开始的。国度出台该政策的目的，是让这些大学在选择人才的时候有更大的自主权。
39所是指中电科39研究所，在所有研究所非常棒，科技人员的含金量非常高。每年中电科39研究所都能够完成和工科多项国内国内外较好科研课题中，电科39研究院受到社会各界的高度赞扬。
34所和39所，指的是中国的985大学。34所是排名较好期，排名较好期5所，加起来39所。